До складу БУВР середнього Дніпра входить п'ять дільниць, які виконують функції управління та контролю в галузі меліорації земель і водного господарства в своїй зоні діяльності.
Ірпінська дільниця, обслуговує Вишгородський, Макарівський, Бородянський, Києво – Святошинський, Фастівський райони. Здійснює управління водними ресурсами в басейнах річок: Здвиж, Ірпінь, Віта, Сіверка. 
Іванківська дільниця, обслуговує Іванківський та Поліський райони. Здійснює управління водними ресурсами в басейнах річок – Уж і Тетерів.
Обухівська дільниця, обслуговує Обухівський, Васильківський, Миронівський, Кагарлицький райони. Здійснює управління водними ресурсами в басейнах річок: Стугна, Росава, Красна, Леглич.
Трубізька дільниця, обслуговує Баришівський, Броварський, Переяслав-Хмельницький, Згурівський та Яготинський райони. Здійснює управління водними ресурсами в басейнах річок: Трубіж, Супій, Перевод, Гнила Орлиця.
Бортницька дільниця, обслуговує Бориспільський район.